擅自将小区车库改成冷库，不合法。违反《物业管理条例》有关规定，应当按规定处罚。主要依据如下：

1、擅自将小区车库改成冷库的行为，违反《物业管理条例》第四十九条“物业管理区域内按照规划建设的公共建筑和共用设施，不得改变用途。业主依法确需改变公共建筑和共用设施用途的，应当在依法办理有关手续后告知物业服务企业；物业服务企业确需改变公共建筑和共用设施用途的，应当提请业主大会讨论决定同意后，由业主依法办理有关手续”的规定。同时违反《城乡规划法》第五十条“不得随意改变”的规定。

2、依据《物业管理条例》第六十三条的规定，违反本条例的规定，有下列行为之一的，由县级以上地方人民政府房地产行政主管部门责令限期改正，给予警告，并按照本条第二款的规定处以罚款；所得收益，用于物业管理区域内物业共用部位、共用设施设备的维修、养护，剩余部分按照业主大会的决定使用：

（一）擅自改变物业管理区域内按照规划建设的公共建筑和共用设施用途的；

（二）擅自占用、挖掘物业管理区域内道路、场地，损害业主共同利益的；

（三）擅自利用物业共用部位、共用设施设备进行经营的。

个人有前款规定行为之一的，处1000元以上1万元以下的罚款；单位有前款规定行为之一的，处5万元以上20万元以下的罚款。

3、即便依法通过业主大会决定，确定将小区车库改成冷库，必须上报规划等主管部门审批；否则，属于擅自变车库用途，违反《物业管理条例》第四十九条的规定，应当依据《物业管理条例》第五十七条规定、第六十三条规定进行处罚。